في 31 أكتوبر 1999 قتل 217 شخصا في تحطم بوينج بي767-300 تابعة لشركة مصر للطيران الرحلة رقم 990 قبالة ساحل ماساتشوستس الأميركي بعد نحو ساعة من إقلاعها ولم ينج في الحادث أي من الركاب. ظهر بعد ذلك تقرير لهيئة السلامة الأمريكية حيث زعم التقرير ان مساعد الطيار جميل البطوطي تعمد إسقاط الطائرة والانتحار بسبب جملة قالها وهي: "توكلت على الله" وهي جملة لا يقولها منتحر وانما يقولها إنسان يقوم بعمل صعب لا يتم الا بمعونة الله. وهناك تقارير اخري تؤكد وجود شبهة جنائية حول الحادث. خلص تقرير مجلس سلامة النقل الوطني للولايات المتحدة بدعم من إدارة الطيران الاتحادية ومكتب التحقيقات الفدرالي و بوينغ وخفر سواحل الولايات المتحدة أن سبب الحادث نتيجة لمدخلات التحكم في الطيران لمساعد الطيار جميل البطوطي الذي تعمد إسقاط الطائرة.

تعمد التقرير الذي أعدته هيئة سلامة الطيران الأمريكية إخفاء حقائق تتعلق بالحادث فقام أولا على افتراض أن مساعد الطيار المصري جميل البطوطي تعمد الانتحار وإسقاط الطائرة وذلك بسبب الجملة التي قالها وسجلها الصندوق الأسود وهي توكلت على الله وهو ما يعني أن شركة مصر للطيران هي المسؤولة عن التعويضات فضلا عن الإضرار بسمعتها كشركة طيران عالمية وبالتالي إخلاء المسؤولية عن أجهزة الأمن الأميركية. أما جميل البطوطي المتهم بالانتحار وبأنه السبب في سقوط الطائرة فقد روى الكثير من أصدقائه وأقاربه أنه كان مثالا للتدين والاخلاق الحسنة بين زملائه وهو والد لخمسة أطفال. عمل البطوطي طيارا بشركة مصر للطيران عام 1987 وكان قبلها طيارًا سابقًا في سلاح الجو المصري وأمضى نحو 15 ألف ساعة طيران أكثر من ثلثها على طائرات البوينج 767 كما قام بتدريب العديد من الطيارين خلال سنوات خدمته في القوات الجوية المصرية وفي الطيران المدني خلال 35 عامًا.

في أكتوبر من عام 1999 كان جميل البطوطي ضمن طاقم الطائرة المصرية التي كانت تقوم برحلة من الولايات المتحدة إلى القاهرة والتي سقطت فجآة ولأسباب مجهولة قبالة سواحل المحيط الأطلنطي لتنهي بذلك حياة 217 شخصا كانوا على متنها ومن بينهم مساعد الطيار جميل البطوطي. إن تحطم الطائرة المصرية كان حادثا متعمدا ولم تسقط بسبب اتجاه مساعد الطيار جميل البطوطي للانتحار. فشهادة أحد الطيارين الألمان الذي كان على خط ملاحي قريب من الطائرة المصرية وقت وقوع الكارثة شاهد جسماً غريباً يمر بالقرب منه قبل وقوع الكارثة بثوان ويتجه إلى الطائرة المصرية مما أدى إلى سقوطها في مياه المحيط وانفجارها لتتحول إلى أجزاء متناثرة. أما "وليد" ابن شقيقة البطوطي فيقول: أن طائرة مصر للطيران التي تحطمت فوق الاطلنطي في خريف عام 1999 عقب إقلاعها من نيويورك في طريقها إلى القاهرة كانت "مستهدفة" لوجود وفد عسكري "هام" مؤلف من 33 شخصا على متنها وكذلك "ثلاثة خبراء في الذرة" وغيرهم. وأضاف وليد في تصريحات صحفية: أن "سبعة" خبراء في مجال النفط كانوا أيضا على متن الطائرة المنكوبة والتي لقي جميع ركابها البالغ عددهم 217 مصرعهم نتيجة تحطمها.

تأتي تلك التصريحات عقب صدور التقرير الفني النهائي من جانب هيئة سلامة الطيران الأمريكية والذي تحمل فيه البطوطي مسئولية تحطم الطائرة "الأمريكية الصنع" والتابعة لشركة مصر الطيران لقيامه بفصل جهاز الطيار الالي قبل الحادث. ويرجح ذلك نظرية تقول بأن البطوطي أقدم على الانتحار حيث ظل يردد عبارة "توكلت على الله" عدة مرات إلا أن التقرير الأمريكي نفسه لم يوضح لماذا فعل البطوطي ذلك بالطائرة المنكوبة. يقول وليد البطوطي: أن جهاز الطيار الآلي الخاص بالطائرة وهي من طراز بوينغ قد أصابه العطب "ثلاث مرات" من قبل خلال رحلة داخلية لها بين مدينتي لوس أنجلوس ونيويورك مما تسبب في إغلاقه ثلاث مرات أثناء نفس الرحلة بينما كان يقودها طاقم آخر لم يكن البطوطي بينهم. وأكد أن هذا الجهاز تعطل للمرة الرابعة عقب إقلاع الطائرة من نيويورك وعلى متنها خاله جميل البطوطي في طريقها إلى القاهرة ولم يكن لمساعد الطيار "البطوطي" أي دخل بذلك. كما نقلت القنوات الفضائية عن بعض أفراد أسرة البطوطي نفيهم نظرية انتحار جميل البطوطي لانه كان "شديد التدين" وناجحا في عمله ولم يكن هناك أدنى ما يدعوه بالتالي للاقدام على الانتحار.

تأخر الطائرة عن الاقلاع لمدة ساعتين يعطي تصورا للتخطيط المسبق لتفجير الطائرة لان تأخر الطائرة عن الاقلاع يترتب عليه احتمالات في غاية الاهمية والخطورة وهي عدم ادراجها علي خريطة الرحلات قبل الاقلاع وبالتالي عدم الاخطار عن خط سيرها أو الاخطار في وقت متأخر لايسمح بادراجها علي خريطة الرحلات وبالتالي سمحت لها سلطات المطار بالاقلاع قبل وصول الموافقة علي اعادة ادراجها علي الخريطة وفي هاتين الحالتين كانت النتيجة واحدة وهي عدم ادراج الرحلة علي خريطة الرحلات وبالتالي عدم ادراجها علي كمبيوتر وسائل الدفاع الجوي وبالتالي تعاملت معها وسائل الدفاع الجوي كطائرة معادية واطلقت عليها الصواريخ لإسقاطها. كما أن الطائرة تعرضت لاعاقة إلكترونية ادت الي انحرافها عن خط السير العادي ولم يتم تصحيح المسار بواسطة محطة التوجيه والمتابعة الأرضية بمطار الاقلاع ويرجع السبب في ذلك إما الي تعمد عدم التصحيح من المحطة الأرضية أو التشويش علي وسائل الاتصالات بين الطيار ومحطة التوجيه الأرضية وهذا ما ايدته البيانات التي اذاعتها الهيئة بقطع الاتصال بين الطائرة ومحطة التوجيه الأرضية قبل تحطمها بثلاث دقائق وهي الفترة اللازمة والكافية لدخول الطائرة منطقة التدمير ودورة اشتباك صواريخ الدفاع الجوي التي اطلقت عليها وفجرتها. لم يشعر أحد من الطيارين بما يحاك له خارج الطائرة حيث كانت الطائرة تسير علي الارتفاع الطبيعي لها وهو 33 ألف قدم بواسطة الطيار الآلي وفجأة لاحظ الطيار البطوطي ان الطائرة بدأت تنحرف عن مسارها العادي بعد أن شاهد مناظر غير مألوفة له وغير موجودة في المسار الطبيعي للطائرة وفي البداية اعتقد ان هذا السبب خلل في الطيار الألي فقام علي الفور بفصله حتي يعيد الطائرة الي مسارها العادي وفي هذه اللحظة فوجيء باحد الصواريخ يتجه الي الطائرة وفي هذه اللحظة دخل عليه الطيار المصري أحمد الحبشي  وبعد تقدير الموقف طلب من البطوطي مساعدته بقوله 'ساعدني' أو 'شد معي' وفقدوا الاتصال بمحطة التوجيه والمتابعة الأرضية ولم يكن امامهما إلا القيام بمناورة حادة والهبوط بالطائرة بسرعة شديدة من ارتفاع 33 ألف قدم الي 16 الف قدم حتي يتفادا الاصطدام بالصاروخ الأول وبالفعل نجت الطائرة من الخطر وعند ارتفاع 16.5 الف قدم شاهدا صاروخا ثانيا يتجه الي الطائرة فلم يكن امامهما سوي استمرار المناورة والارتفاع بالطائرة مرة اخري وبسرعة شديدة لتفادي الصاروخ الثاني ولأن الطائرة غير مجهزة لهذا النوع من المناورات وذلك بسبب ثقل وزنها وعند ارتفاع 24 الف قدم اصطدم بها الصاروخ الثاني وبالتحديد عند الذيل الامر الذي أدي الي انفجاره وتسبب في تفريغ كبير جدا في هواء منطقة التدمير نتج عنه تفجير اجسام الركاب الي انسجة بشرية سقطت مع حطام الطائرة وحطام الصاروخ.تقرير علمي مصري أعده د/ محمد إبراهيم معوض.

الأدلة التي تدل علي ان الطائرة قد تم تفجيرها بصاروخ كثيرة: اولها هو وجود نية مبيته لتأخير اذاعة بيانات الكارثة حيث صدر البيان الأول بفقد الطائرة وبعدها بساعة صدر البيان الثاني بتحطم الطائرة وسقوطها في مياه المحيط الأطلنطي وذلك بهدف اتاحة الفرصة لاختفاء حطام الصواريخ وهو الدليل المادي علي السبب الحقيقي للكارثة. الدليل الثاني علي صدق هذه الرواية هو عدم العثور علي اية اشلاء لاي جثة من جثث ركاب الطائرة ولكن ماتم العثور عليه هو 'انسجة بشرية' وهذا يدل علي تعرض الطائرة لضغط هوائي شديد بعد انفجار ذيلها بالصاروخ الثاني وذلك لان الانفجار العادي للطائرة لايمكن ان يحول الجثث الي 'انسجة بشرية' وأيضا إذا كان الانفجار بصورة ناسفة لما قام الطياران المصريان بالمناورة الشديدة التي قاما بها. أما الدليل الثالث هو تعمد عدم اذاعة محتويات الصندوق الاسود كاملة وذلك محاولة لتفادي اية إشارة تفيد وجود صواريخ موجهة الي الطائرة من خلال الاحاديث المتبادلة بين افراد طاقم القيادة أو بين الطاقم والمحطة الأرضية وأيضا لاخفاء السبب الحقيقي وراء قطع الاتصال بين الطائرة والمحطة الأرضية قبل تحطمها بثلاث دقائق ومن الجائز تسجيل صوت انفجار الصاروخ ضمن تسجيلات الصندوق الاسود. دليل اخر علي وجود شبهة جنائية حول الحادث هو تحطم كابينه القيادة تماما وهو امر غير مألوف حيث يتم صناعة كبائن قيادة الطائرات من دعامات قوية لحماية طاقم قيادة الطائرة ولو فرضنا انها حادث طبيعي فمن المنطقي الا تتحطم الكابينه الا إذا كان هناك مادة مفجرة أو صاروخ حطمت الكابينة تماما.