رحل محمد نجيب في هدوء عن عمر يناهز 83 عاما في مستشفى المعادي العسكري بالقاهرة.
لم يكن يعاني من أمراض خطيرة لكنها كانت أمراض الشيخوخة.
بعد أن كتب مذكراته شملها كتابه كنت رئيساً لمصر ويشهد له أن كتابه خلا من أي اتهام لأي ممن عزلوه.

رحل بعد أن عاصر أهم الأحداث التي مرت على تاريخ مصر الحديث من جلاء القوات البريطانية عن مصر عام 1954 وتأميم قناة السويس والعدوان الثلاثي عام 1956 إلى الوحدة مع سوريا عام 1958 ومشاركة القوات المصرية في حرب اليمن عام 1962 ومروراً بالنكسة ووفاة عبد الحكيم عامر عام 1967 ووفاة الرئيس جمال عبد الناصر عام 1970 وحرب أكتوبر عام 1973 ومعاهدة كامب ديفيد عام 1978 واغتيال الرئيس السادات عام 1981.

على الرغم من رغبة محمد نجيب في وصيته أن يدفن في السودان بجانب أبيه إلا أنه دفن في مصر في جنازة عسكرية مهيبة وحمل جثمانه على عربة مدفع وقد تقدم الجنازة الرئيس المصري حسني مبارك وأعضاء مجلس قيادة الثورة الباقين على قيد الحياة لتطوى صفحة رجل قاد أهم نقطة تحول في تاريخ مصر الحديث.