ولد في 20 أغسطس 1945 ببلدة الزرقا بمحافظة دمياط في مصر.
حاصل على ماجستير العلوم الزراعية ودكتوراه الفلسفة في الاقتصاد الزراعي من جامعة عين شمس و لديه ولدين وإبنتين.
تم اغتياله على يد جماعة إرهابية آنذاك في 8 يونيو 1992 في القاهرة.
كما كانت له كتابات في مجلة أكتوبر وجريدة الأحرار المصريتين.
أثارت كتابات فرج فودة جدلا واسعا بين المثقفين والمفكرين ورجال الدين واختلفت حولها الأراء وتضاربت فقد طالب بفصل الدين عن الدولة وكان يري أن الدولة المدنية لاشأن لها بالدين.
حاول فرج فودة تأسيس حزب باسم "حزب المستقبل" وكان ينتظر الموافقة من لجنة شؤون الأحزاب التابعة لمجلس الشوري المصري ووقتها كانت جبهة علماء الأزهر تشن هجوما كبيرا عليه وطالبت تلك اللجنة لجنة شؤون الأحزاب بعدم الترخيص لحزبه بل وأصدرت تلك الجبهة في 1992 "بجريدة النور" بياناً "بكفر" الكاتب المصري فرج فودة ووجوب قتله.
استقال فرج فودة من حزب الوفد الجديد وذلك لرفضه تحالف الحزب مع جماعة الإخوان المسلمين لخوض انتخابات مجلس الشعب المصري العام 1984.
أسس الجمعية المصرية للتنوير في شارع أسماء فهمي بمدينة نصر وهي التي اغتيل أمامها.
تبين أن الجريمة جاءت بفتوي من شيوخ جماعة الجهاد علي رأسهم الشيخ عمر عبد الرحمن المسجون حاليا في الولايات المتحدة الأمريكية.
في شهادة الشيخ محمد الغزالي في أثناء محاكمة القاتل وصف الغزالي فودة "بالمرتد" "وأنه مرتد وجب قتله" وأفتى بجواز أن يقوم أفراد الأمة بإقامة الحدود عند تعطيلها وإن كان هذا افتياتا على حق السلطة ولكن ليس عليه عقوبة وهذا يعني أنه لا يجوز قتل من قتل فرج فودة حسب تعبيره.
أثناء المحاكمة سئل قاتل فرج فودة :
    لماذا اغتلت فرج فودة ؟
    القاتل : لأنه كافر.
    ومن أي من كتبه عرفت أنه كافر ؟
    القاتل : أنا لم أقرأ كتبه.
    كيف ؟
    القاتل :أنا لا أقرأ ولا أكتب.