في 5 يونيو دوت صفارات الإنذار في جميع أنحاء إسرائيل وأطلق سلاح الجو الإسرائيلي العملية العسكرية الجوية ضد المطارات المصرية بمعدل 12 طائرة لكل مركز جوي في مصر.
كانت البنية التحتية المصرية الدفاعية سيئة للغاية وعلى الرغم من وجود بعض المطارات المزودة بملاجئ خاصة للطائرات قادرة على حماية الأسطول الجوي المصري من التدمير إلا أن الملاجئ لم تستعمل وربما "المباغتة" التي قام بها الجيش الإسرائيلي هي السبب فالطائرات الإسرائيلية حلقت على علو منخفض لتفادي الرادار فوق البحر الأبيض المتوسط قبل أن تتجه نحو الأراضي المصرية من فوق البحر الأحمر وبكل الأحوال كان من الممكن استعمال صواريخ أرض جو المصريّة لإسقاط أكبر عدد من الطائرات الإسرائيلية إلا أن البيروقراطية الإدارية حالت دون استعمال هذا السلاح الذي وصفه هيكل بالفعّال وسوى ذلك فإن القائد العام للجيش المصري المشير عبد الحكيم عامر كان حينها على متن طائرة متجه إلى سيناء ولم يعرف بالضربة الجوية الإسرائيلية إلا حين لم تجد طائرته مكانًا للهبوط في سيناء بسبب تدمير جميع مدرجات المطارات وهو ما دفعه للعودة إلى مطار القاهرة الدولي دون أن يتمكن من تحقيق غايته.
يذكر أيضًا أن الرادار التابع للأردن في عجلون استطاع الكشف عن اقتراب سرب من الطائرات الإسرائيلية للأراضي المصرية وذكر كلمة السر للقيادة المصرية غير أن مشاكل الاتصالات منعت من وصول التحذير إلى المطارات المستهدفة مسبقًا.
كان تحرك إسرائيل الأول والأكثر أهمية والذي أربك الجيش المصري الذي كان أكبر الجيوش العربية المشاركة في القتال وأفضلها تسليحًا هو الهجوم على مطارات ومهابط الطائرات المصرية بحيث عطلت القدرة على استعمال 420 طائرة مقاتلة يتألف منها الأسطول الجوي المصري وقد ذهب بعض الصحفيين والمحللين من أمثال محمد حسنين هيكل للقول أن تعطيل سلاح الجو المصري هو السبب الأبرز لخسارة الحرب.
النوع الأبرز للطائرات المصرية كان توبوليف تو-16 وهي سوفيتية الصنع كسائر قطع الأسطول الجوي المصري وبإمكان الطائرة إطلاق مقذوفاتها من علو متوسط.
هناك العديد من الإدعاءات التي قدمت خلال الحرب عن دعم عسكري مباشر لإسرائيل من قبل الولايات المتحدة والمملكة المتحدة بما في ذلك تزويدها بالمعدات والأسحلة على الرغم من الحظر كما أفادت بعض التقارير بمشاركة القوات الإمريكية في النزاع.