تخرج في الكلية الحربية بأم درمان عام 1952 وحصل على الماجستير في العلوم العسكرية من فورت ليفنورث بأركنساس الولايات المتحدة الأميركية سنة 1966.
تنقل نميري في عدة مواقع عمل في الجيش السوداني شمالاً وجنوباً. إتُهم عام 1955 بتدبير انقلاب عسكري على النظام الديمقراطي القائم في البلاد في ذلك الوقت غير انه تبين للقيادة بعد التحقيق معه ان الامر ليس أكثر من وشاية وبعدما تبين لها ذلك حُفظ التحقيق. أجرى التحقيق معه مرةً أخرى حول محاولة انقلابية فاشلة قادها ضابط اسمه خالد الكد غير ان التحقيق لم يتوصل إلى ما يجرِّم نميري في المحاولة الفاشلة. استولى نميري أخيراً على السلطة بسهولة في صباح 25 مايو عام 1969.